مدعیان اجرای بومی سازی، معمولاً استدلال شان اینست که با بومی سازی، عدالت را اجرا می کنند، در حالیکه بومی سازی نه تنها عدالت نیست بلکه مصداق بارز بی عدالتی است، و علاوه بر آن آسیب هایی به کشور میزند که تا نسل ها قابل جبران نیست،
از نظر اجرای عدالت، بومی سازی منجر به نقض عدالت به ضرر مناطق کم جمعیت تر و بومی تر که امکانات و فرصت های کمتری دارند می باشد، بعنوان مثال، وقتی درصد بالایی از استخدام یک سازمان در اصفهان و تبریز بعنوان دو شهر بزرگ، بومی باشد، و در مقابل آن در شهرهای کوچکی مثل کازرون و بانه و شوشتر نیز همان درصد باشد، یعنی یک تبعیض بزرگ در حق مناطق کم جمعیت تر و شهرهای کوچک تر است، زیرا نه تنها مردم ساکن شهرهای کوچکتر، عملا از رقابت با مردم شهرهای بزرگتر باز می مانند و کنار گذاشته می شوند، بلکه مردم شهرهای دیگر خواه بزرگ تر خواه کوچکتر نیز بخاطر حذف حق آنها در شهرها و استان های دیگر نادیده گرفته شده و مورد تبعیض قرار میگیرند، چرا که ایران ملک مشاع همه ی ایرانیان است و صرف سکونت در یک منطقه ایجاد هیچ حق برتری نسبت به ساکنان مناطق دیگر نمی کند و همچنین سکونت در یک شهر، نشانه توانایی برتر و استعداد بیشتر برای استفاده از فرصت های موجود در کشور نیست،
و البته شاید این استدلال پیش بیاید که ساکنان مناطق محروم تر، بواسطه محرومیت و عدم برخورداری از امکانات برابر، توانایی رقابت کمتری نسبت به مناطق مرفه تر داشته باشند، و نیازمند یک ارفاق و سهمیه هستند، در جواب این استدلال باید گفت که بومی سازی بدترین راه حل برای اجرای عدالت در حل این مشکل است، راه حل درست، ایجاد سهمیه برای مناطق محروم، بصورت کشوری است، یعنی شهرهای کشور به نسبت میزان محرومیت و برخورداری از امکانات، دسته بندی شوند، و به دو یا سه دسته ی، برخوردار، کمتربرخوردار و محروم، و همچنین میزان جمعیت ، گروه بندی شوند، و سپس با یک فرمول منصفانه، امکان از استفاده از فرصت های موجود در کشور بصورت برابر برای تمام ایرانیان فراهم شود،
اما موضوع مهمتر از عدالت که در بحث بومی سازی باید به آن توجه شود، مسایل ملی است،
در واقع، بومی سازی باعث میشود که رفت و آمد ها و تبادل ها بین نقاط مختلف کشور به حداقل برسد و کشور تبدیل به جزیره های جدا از هم، از نظر انسانی و فرهنگی شود، مهاجرت های متقابل ایرانیان به شهرهای دیگر بسیار کم شده و فرهنگ های منطقه ای از مناطق دیگر جداتر شود و پیشرفت یکنواخت فرهنگی و انسانی دچار آسیب بشود، و این زیان در مناطق محروم تر، بصورت پررنگتر نمود پیدا کرده و به شدت به وحدت ملی آسیب بزند و علاوه بر آن فرهنگ های بومی و محلی، فرصت تاثیر گذاری خود بر فرهنگ ملی را از دست بدهند و تبادل و همگرایی انسانی و فرهنگی، جای خود را به تقابل و تضاد و واگرایی بدهد و شرایط را برای فعالیت ایران ستیزان و تجزیه طلبان فراهم کند
و این یعنی اینکه بومی سازی، علاوه بر اینکه عدالت را از بین برده و حق برخورداری ایرانیان از فرصت های برابر را نقض می کند، آسیب های جبران ناپذیری به وحدت ملی میزند و امکان توسعه انسانی و رشد فرهنگ ملی با کمک فرهنگ های بومی و محلی را نیز از بین می برد.
